중기연, 중소기업 전문연구요원제도 효과성 분석
지난해 전문연구요원 산업생산 증가액 2조2400억원
장기 근무 방안, 비수도권 지역 편입 강화해야
[헤럴드경제 도현정 기자]이공계 석·박사 인력이 병역의무를 대체하는 중소기업 전문연구요원제도가 중기 1개사당 1년에 17억7000만원 상당의 매출 상승을 일으킨다는 연구 결과가 나왔다.
중소기업연구원의 노민선 연구위원은 18일 발표한 ‘중소기업 전문연구요원제도의 효과성 분석과 정책과제’에서 이 같은 분석과 함께 비수도권 지역으로 편입되는 비중을 높이고, 전직을 제한해 적정 인력의 지속적인 근무를 독려해야 한다고 제언했다.
중소기업 전문연구요원제도는 이공계 석·박사 인력이 병무청장이 지정한 업체에서 연구개발(R&D) 인력으로 3년간 일하면서 병역 의무를 대체하는 제도다. 자연계 석사 이상의 학위 취득 인력은 경력 단절 없이 연구를 할 수 있고, 중소기업은 3년여간 고급 연구 인력을 안정적으로 확보할 수 있다. 정부는 2015년 이후 매년 855명의 전문연구요원을 중소기업에 배정해왔고, 2018년부터 그 편입률(채용)이 100%에 달할 정도로 중소기업들이 이 제도를 적극 활용해왔다.
중기연은 이 제도의 효과를 분석하기 위해 전문연구요원을 채용하고 있는 중소기업 562개사를 대상으로 최근 3년간 매출액, 영업이익, R&D투자, 종업원 수, 연구원 수 등을 바탕으로 1개월여간 조사를 진행했다. 분석 결과 전문연구요원 제도를 운영하는 중소기업은 유사한 성향을 가진 다른 중기보다 매출액이 17억7000만원 증가하는 효과를 본 것으로 나타났다.
중소기업에 복무하는 전문연구요원의 지난해 산업생산 증가액은 총 2조2479억원으로 집계됐다. 보고서는 중소기업 중 매출액이 빠르게 증가하는 고성장 기업일수록 전문연구요원의 매출액 성장률 제고 효과가 컸다고 분석했다. 전문연구요원이 1명 추가 투입될 때 매출액 성장률 증가분은 매출액 상위 90% 기업에서는 10.7%포인트, 상위 50% 기업에서는 11.3%포인트였다. 상위 10% 기업에서는 전문연구요원 투입 후 매출액 성장률이 12.6%포인트로 가장 높았다.
R&D 성장률과의 연관관계도 주목할만한 대목이다. R&D 투자를 적극적으로 확대하는 기업일수록 전문연구요원 투입시 R&D 성장률 증가 효과가 컸다. 전문연구요원이 1명 추가 투입될 때 R&D 성장률 증가분은 R&D 투자 분위가 상위 90%인 기업에서는 19.8%였으나 50% 기업에서는 21.1%로 높아졌다. 상위 10% 기업에서는 연구요원 투입시 R&D 성장률이 22.7%나 됐다.
전문연구요원 투입의 거시경제적 효과를 봐도 생산유발효과가 3조8840억원, 고용유발효과는 1만5011명, 부가가치유발효과는 1조7624억원에 달한다는게 보고서의 분석이다.
각종 경제적 파급효과에도 불구하고 전문연구요원의 분포가 수도권 지역에 편중되어 있고, 장기 근무로 이어지지 않는다는 점은 해결해야 할 과제로 지적되고 있다.
전문연구요원의 비수도권 복무 비중은 2015년 15.8%에서 지난해 11.5%로 4.3%포인트나 줄었다. 2016년에는 그 비중이 17.4%로 전년에 비해 늘었지만 이후 2017년 16.3%, 2018년 14.5%로 매년 줄어드는 추세다.
핵심 인력들의 장기 근무가 되지 않는다는 점도 중소기업이 R&D 인력을 제대로 운용하기 힘든 요인으로 작용한다. 전문연구요원의 절반이 넘는 50.4%가 복무기간이 만료되기 전이나 만료 당일에 퇴사하는 것으로 나타났다. 복무기간 만료 후 1개월 이상 재직하는 비중은 33.3%에 불과했다. 비슷한 제도(연발체대역)를 운용중인 대만에서 65.1%가 복무기간 만료 후 3개월 이상 재직한 것과 대비되는 대목이다.
노 연구위원은 지방 중소기업 중심으로 전문연구요원의 보충역 편입 등을 통해 제도를 더 활성화 할 필요가 있다고 밝혔다. 보충역 전문연구요원 편입이 가능한 병역지정업체 대상 기관을 확대하고, 전문연구요원에 대해서는 유연근로제를 도입하는 등 복무시간을 탄력적으로 관리하는 방안도 고려해야 한다고 주장했다.
특히 전문연구요원이 된 이후 1년6개월이 지나면 개인 사유에 의해서도 전직할 수 있는 규정은 폐지하는 것을 제안했다. 노 연구위원은 “현재 운영되는 제도대로 1년6개월 후 전직할 수 있다고 규정을 두면 전문연구요원들이 일은 중소기업에서 배우고 이후에 대기업으로 전직하는 악순환이 계속된다”며 “1년6개월까지는 인력을 키워내는 비용이 더 많이 들어가는데, 중기들은 기껏 인력을 키워놓고 대기업으로 보내는 셈”이라고 지적했다. 그는 이어 “이직 이후 빈 자리를 채울 적임자를 찾기도 어렵다”며 “전직 금지와 함께 각종 공제사업이나 경력 개발 지원 등 전문연구요원들이 중기에 머무를 요인을 제공하는게 필요하다”고 전했다.
![4000만원 낼 세금을 1억 넘게 물다니…‘상속세 0원’이라도 꼭 신고해야 하는 이유 [이세상]](https://wimg.heraldcorp.com/news/cms/2026/09/03/news-p.v1.20260903.e72e37cbc9ac475abd6197c15b096a38_T1.png?type=h&h=240)
![앤트로픽 IPO는 시작일 뿐…AI 모델 ‘골라주는 시장’ 커진다 [서학개미 주식회사]](https://wimg.heraldcorp.com/news/cms/2026/09/03/rcv.YNA.20260813.PRU20260813276001009_T1.jpg?type=h&h=240)
![“교과서 미래엔 AI가 있다”…‘AI 공장’된 미래엔 세종공장 [그 회사 어때?]](https://wimg.heraldcorp.com/news/cms/2026/09/02/news-p.v1.20260821.9213ff47283443e4aeec745e2b971c31_T1.jpg?type=h&h=240)

