[헤럴드경제=양영경 기자] 한국전자통신연구원 등 9개 정부출연연구기관이 민간기업과 계약한 1600여억원대 기술료에 대해 부가가치세 신고를 누락했음에도 대전지방국세청이 적절한 조치를 취하지 않은 것으로 감사원 감사결과 드러났다.

감사원이 28일 발표한 ‘대전지방국세청 기관운영감사’에 따르면 대전국세청은 지난 2012년 한 회사의 최대주주인 A씨가 2년 전 자기 지분을 초과해 배정받은 신주인수권을 행사ㆍ양도하면서 발생한 61억여원에 대한 증여세 28억여원을 미징수한 것으로 드러났다. 대전국세청은 한 기업에 대한 법인세 7억여원도 징수하지 않고 있는 것으로 밝혀졌다. 한국의 B모 회사는 일본의 한 관계회사에 2009년 세계경제 위기에 따른 손실분담금 명목으로 35억여원을 지급했다. 2014년 이 사실을 발견한 대전 국세청은 손실이나 이익에 대한 정산 내역도 없이 손실을 보전해 준 것을 비정상적인 거래로 보고, 법인세법 상 특수관계자간 부당행위로 판단했다. 그러나 이에 대한 법인세를 원천징수하지 않은 채 조사가 종결된 정황이 감사원을 통해 포착됐다.

이 외에도 2009년~2014년 사이 관내 9개 과학기술분야 정부출연연구기관이 민간기업과 기술실시계약을 맺고 그 대가로 받은 기술료 1623억여원에 대해 부가가치세 신고를 누락했음에도 대전 국세청이 적절한 조치를 취하지 않은 사실도 감사 결과 드러났다.

감사원은 대전지방국세청장에게 감사결과 나타난 문제점에 대해 시정요구를 하며 관련자에게는 주의를 촉구할 것을 당부했다.

감사원은 “세무관서에서 세무조사 절차를 준수하는지, 세무조사 결과를 규정에 맞게 처리하는지 등을 집중 검토했다”며 “세원 확충에 기여하고 체납관리 등을 점검하기 위해 이번 감사를 실시했다”고 밝혔다.

이번 감사는 대전지방국세청 및 관하 세무서의 업무 전반에 대해 2012년 1월 1일부터 2015년 1월 31일까지 진행됐다.


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